Conforme abbiamo affermato,  ci baseremo in questo lavoro nei testi filosofici di San Tommaso d'Aquino. Per testi filosofici non intendiamo appena le opere di S. Tommaso i cui titoli affermano esplicitamente che si trattano di un lavoro filosofico; intendiamo come testi filosofici tutti quei passi delle opere di S. Tommaso d'Aquino, qualsiasi possa essere il suo titolo, in che ci sia qualche argomento la cui validità non dipenda necessariamente di qualche principio che solo possa essere conosciuto per mezzo della Rivelazione.

In questo modo, non saranno appena i Commenti di San Tommaso alle opere di Aristotele ce si considereranno testi filosofici; tutti i passi, anche di un'opera come la Summa Theologiae, se contengono argomenti la cui validità non dipenda necessariamente da un dato rivelato, saranno considerati in questo lavoro come testi filosofici.

Per giudicare, pertanto, se un testo deva essere ritenuto come filosofico, non sarà rilevante la presenza o l'assenza di citazioni delle Sacre Scritture; se la citazione delle Sacre Scritture si utilizza appena come un'esempio, dal quale non dipende la validità dell'argomento, il testo sarà considerato filosofico. Secondo questo criterio, la maggior parte della Summa contra Gentiles, nonostante le copiosissime citazioni di passi delle Scritture, sarà, nonostante ciò, un'opera filosofica. Alcuni passi dei commenti ad Aristotele, d'altra parte, potranno per i stessi criteri non essere considerati testi filosofici.

I principali testi di S. Tommaso di che faremo uso saranno, in primo posto, i commenti all'opera di Aristotele, cioè, il Commento ai Libri dell'Interpretazione, il Commento ai Secondi Analitici, il Commento alla Fisica, il Commento al De Anima, il Commento alla Metafisica, il Commento all'Etica a Nicomaco, il Commento alla Politica e il De Ente et Essentia, il quale è come che un prolungamento del Commento alla Metafisica, nonostante, in ordine cronologica, il De Ente et Essentia sia uno dei primi lavori di Tommaso d'Aquino, scritto molti anni prima del Commento alla Metafisica. In secondo posto, le Quaestiones Disputatae e le due Summae, la Summa contra Gentiles e la Summa Theologiae. Questo assieme può essere considerato, di una certa forma, il proprio scheletro dell'opera di S. Tommaso d'Aquino.

Ma, oltre a questi, ci serviremo quando necessario di tutte le sua altre opere, qualunque sia la loro natura; per esempio, l'Opuscolo sui Principii della Natura, le Quaestiones Quodlibetales, il Commento al Simbolo dei Apostoli, il Commento ai Libri delle Sentenze, il Commento al Libro dei Nomi Divini, il Commento al Libro del Profeta Isaia, ecc..

Per evitare prolissità non necessaria, le citazioni delle opere di S. Tommaso e dei suoi biografi originali saranno date in forma abbreviata, contenendo appena il nome dell'opera e la localizzazione del passo; nella bibliografia collocata nel finale di questo lavoro si potranno trovare i riferimenti quanto all'edizione utilizzata.

Lo stesso si dovrà dire quanto alle citazioni della Patrologia di Migne, un'opera di quasi cinquecento volumi pubblicata nel secolo scorso in Francia, contenendo la quasi totalità dei scritti dei autori cristiani dall'inizio del cristianesimo fino all'inizio dei anni 1200 nell'Occidente latino e fino alla caduta di Costantinopla (1453) nell'Oriente greco. L'opera è abbastanza conosciuta ed esiste in tutte le principali biblioteche del mondo; sarà citata in questo lavoro appena come PL, cioè, Patrologia Latina, o PG, cioè, Patrologia Greca.

Nelle citazioni delle Sacre Scritture, esistendone tante e molto buone traduzioni in tutte le lingue, eccellenti edizioni critiche dall'originale e finanche versioni ufficiali come le Volgate latine, saranno menzionate appena le localizzazioni dei passi.